學(xué)校前身是山東醫學(xué)院附設醫士班，1952年經(jīng)華東軍政委員會(huì )同意，根據山東省衛生廳指示分遷至濟寧整合山東省第四康復醫院等資源成立山東省濟寧醫士學(xué)校；1958年山東醫學(xué)院援建，升格為本科高校，更名濟寧醫學(xué)院，招收第一屆本科生；1959年更名濟寧醫學(xué)專(zhuān)科學(xué)校； 1987年恢復濟寧醫學(xué)院校名，在全國率先開(kāi)展精神醫學(xué)專(zhuān)業(yè)本科教育。

　　據2021年4月學(xué)校官網(wǎng)顯示，學(xué)校有太白湖校區、日照校區、任城校區、教學(xué)科技園(與濟寧國家高新區共建)，占地總面積115萬(wàn)平方米，校區固定資產(chǎn)22.5億元，附屬醫院資產(chǎn)20億元，館藏圖書(shū)總量360余萬(wàn)冊。